در گلخانه ها پس از کاشت بذر و روییدن دانهال های جوان نگرانی وقوع بیماری ها پیش می‌آید بیماری ها ممکن است مسری یا غیر مسری باشند. بیماری های مسری غالبا به وسیله قارچ ها و باکتری ها وارد شده و به بذر ها ایجاد می‌شوند. بیماری هایی مثل خال هندوانه ، آنتراکنوز طالبی ، لکه های باکتریایی گوجه فرنگی و پوسیدگی سیاه کلم نمونه هایی از بیماری های مسری هستند. بقیه بیماری های مسری قارچی هستند و در خاک زندگی میکنند این بیماری ها شامل ریزوکتونیا ، پیتیوم و بوته میری است که بر گونه های زیادی از گیاهان اثر می‌کند ،بیماری های مسری را با رعایت اصول بهداشتی در گلخانه از بین می‌برند یا گسترش آنها را محدود میکنند.
بیماری های غیر مسری به بیماری های “بیش از حد” معروف هستند. به این معنی که این بیماری ها در اثر نور، آب ، کود و گرمای “خیلی کم” یا “خیلی زیاد” بوجود می‌آیند. انتقال بیماری های مسری مثل خال هندوانه از یک گیاه به گیاهان دیگر بسیار آسان است، اما در مورد بیماری های غیر مسری مثلا سوختگی ناشی از کود زیاد در یک نشاء بر نشاهای اطراف اثری ندارد. اگر پرورش دهنده ، یک بیماری مسری را شناسایی کند باید به سرعت نشای بیمار را از محیط خارج کند. به علاوه سینی های سالمی که در کنار سینی بیمار قرار گرفته اند ممکن است آلوده شده باشند و بهتر است آنها را نیز از محیط خارج نمود.
بیماری های مسری معمولا از بک گیاه شروع شده و به سمت گیاهان مجاور گسترش می‌یابند. بنابراین بیماری های مسری غالبا به صورت گروهی در گیاهان اتفاق می‌افتد و علایم یکسانی را در همه جا ایجاد می‌کند. در مقابل ، لکه های قهوه ای که روی تمام گیاهان گلخانه مشاهده میشود، احتمالا ناشی از سوختگی کود است تا اینکه بیماری مسری باشد. همچنین توقف رشد یا رنگ زرد گیاهان کنار بخاری یا محل عبور و مرور به علت بیماری های مسری نیست. مشکلاتی که از نشاء شروع میشود منجر به بروز مشکلات در مزرعه میشود. از این رو باید مراقبت زیادی را از نظر سلامتی نشاها اعمال نمود.
